宏基因组学(Metagenomics)又叫元基因组学、微生物环境基因组学。是直接从特定环境样本中提取全部微生物的总DNA(也称宏基因组,metagenome),对其进行高通量测序、序列组装和基因注释,获得环境微生物基因组信息总和,以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势,其应用渗透到各个领域, 包括医学、农业、畜牧、环境等。
近年来,新一代测序技术(Next Generation Sequencing)的发展使研究宏基因组的方法也已经发生了变化,人们可以较快速准确的得到大量生物数据和丰富的微生物研究信息,从而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。伴随着PacBio测序平台的问世,宏基因组学的研究又增加了一个有力的研究途径,其长读长、无GC偏向和无PCR扩增等优势可以获得更多信息,避免二代测序技术在面对复杂微生物群落时的瓶颈:因读长短、不能跨越重复序列、高GC含量序列等,无法真正揭示菌群的复杂情况。
利用三代实时单分子测序PacBio SMRT技术,我们可以获得更多基因组信息,更准确的物种分类,更多的物种鉴定,较为全面地刻画微生物群落各方面的特性,可尽可能真实的还原环境中微生物群落信息,从而深入探讨它们对于整个生态系统的重要意义。
我们的优势
成熟的测序平台:PacBio SMRT系统
高质量的数据保障
更多的物种信息
更准确的物种鉴定
前沿的分析手段
周期短,有竞争力的价格优势
技术流程
数据分析
样本要求
样本类型 | 总量 | 浓度 | OD260/OD280 |
基因组DNA | ≥4 μg | ≥20 ng/μl | ≥ 1.8 |
土壤 | 10 g | ||
粪便 | 2~5 g | ||
血液 | 10 ml | ||
污泥/沉淀物 | 5~10 g | ||
水体 | 50~100 L水样,经过0.22 um滤膜过滤,收集滤膜 |
技术参数
测序平台 | 文库类型 | 数据量 | 运转周期 |
PacBio SMRT | 2 K | 每个样本1~2个SMRT Cell | 视具体项目情况而定 |