重组蛋白表达技术可用于多种下游应用，包括基因调控分析、蛋白结构及功能分析、蛋白质间相互作用分析等。对于特定的应用，使用正确的蛋白表达系统是实验成功的因素。在选择蛋白表达系统时，所需考虑的因素是功能性、可溶性、速度及得率等。安必奇生物依托经验丰富的留美科研人员和专业的蛋白表达、纯化技术，可提供基于原核、酵母、昆虫杆状病毒、哺乳动物细胞等多种蛋白表达系统的蛋白定制服务。
四种蛋白表达系统的优缺点：
| 蛋白表达系统 | 优点 | 缺点 |
| 原核表达系统 | 时间短 | 无翻译后修饰 |
| 比较便宜 | 一些蛋白不能很好的折叠 | |
| 放大过程简单 | 蛋白分泌量少 | |
| 很好的表征遗传学 | ||
| 酵母表达系统 | 适度快速表达 | 需要使用酵母分泌信号肽 |
| 很好表达胞内蛋白和分泌蛋白 | 安全性还需提高 | |
| 比较便宜 | 具有与典型的哺乳动物蛋白不同的N－联聚糖结构 | |
| 大部分蛋白都能进行折叠和翻译后修饰 | ||
| 昆虫杆状病毒表达系统 | 适度快速表达 | 比较贵 |
| 很好表达胞内蛋白、膜蛋白和分泌蛋白 | 难以放大 | |
| 大部分蛋白都能进行折叠和翻译后修饰 | 具有与典型的哺乳动物蛋白不同的N－联聚糖结构 | |
| 哺乳动物细胞表达系统 （瞬时表达） | 适度快速表达 | 比较贵 |
| 很好表达膜蛋白和分泌蛋白 | 胞内蛋白产量低 | |
| 所有蛋白都能进行折叠和真实的翻译后修饰 | ||
| 哺乳动物细胞表达系统 （稳定表达） | 很好表达膜蛋白和分泌蛋白 | 比较贵 |
| 所有蛋白都能进行折叠和真实的翻译后修饰 | 周期长 | |
