单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP),即染色体基因组中单个核苷酸的突变而引起的 DNA 序列的多态性,它以单个碱基的颠换、转换、插入和缺失等形式存在。作为第三代分子标记,SNP标记具有很大的发展潜力,被广泛应用于生物、农学、医学、生物进化等众多领域,在分子遗传学、药物遗传学、法医学以及疾病的诊断和治疗等方面发挥着重要作用。
安必奇为您提供SNP检测技术服务,包括从实验设计、样本准备、位点检测到数据分析。我们可根据您的样本和位点的数量选择合适的实验方法。旨在为您的SNP分型研究提供解决方案。
一、服务项目
Taqman探针法(定性)
该方法的技术基础是荧光定量PCR,针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和PCR扩增。该方法不仅可以检测某个样本的基因型,还可以通过软件分析出不同基因型在所有样本中的分布图。
技术路线
这种方法可以直接在实验结果中读出每个样本中SNP的基因型(纯合子XX或YY,杂合子XY),不需要再对序列进行分析,具有直观性。Taqman探针法通常用于少量SNP位点分析,具有成本低、速度快的优点。
项目周期:3-6周
SNaPshot法测SNP
SNaPshot的原理就是只延长了一个碱基的荧光法BigDye测序,该方法在设计引物时,把不同位置的引物设计成不同的长度,然后进行SNaPshot反应后,产物通过电泳分离、五色荧光检测、Gene mapper分析,可在一次电泳胶内检测多个SNP位点。
技术路线
该方法主要针对中等通量的SNP分型项目,通常用于10-30个SNP位点分析。
项目周期:4-8周
MassARRAy法(定量、多位点、高通量)
Sequenom公司的MassArray质谱系统在SNP分型市场上占有重要地位,是目前市场上高性价比的中高通量SNP分型检测系统,通过激光激发DNA分子片段,再用飞行时间来判断片段分子量的大小。该方法已经广泛地应用于遗传突变检测。
技术路线
MassARRAy法实验设计灵活,分型结果准确性高,性价比高。可对数百至数千份样本检测,样本通量从几百到几万。是高性价比的中高通量SNP分型方法,适用于GWAS实验后续验证以及关联分析。
项目周期:4-6周
Illumina BeadXpress法
采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测,可以同时检测1-384个SNP位点,往往用于基因组芯片结果确认,适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,极高的集成密度,从而获得极高的检测筛选速度,在高通量筛选时可显著降低成本。
技术路线
项目周期:10-12周
二、送样要求
需要提供目的SNP位点的rs号或该位点上下游各200bp的序列以及突变的类型。具体样本要求如下:
样本类型 | 总量 | 浓度 | OD260/OD280 |
组织 | ≥50mg | ||
细胞 | ≥106 | ||
血液 | ≥1ml | ||
gDNA | ≥20μl | ≥50ng/μl | ≥ 1.8 |
三、提供结果
• 检测SNP的原始数据
• 数据分析结果
• 书面报告
询价及订购
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