链特异性转录组是研究有参考基因组物种转录组的一种有效手段。相对于传统转录组测序而言，链特异性转录组测序可以确定两条链的转录方向性，为基因的进一步注释和功能分析提供更准确的信息，同时还可以挖掘转录组中的non-coding RNA信息。原核生物链特异性转录组项目中，可以挖掘新的ncRNA与反义（antisense）转录本；还可以进行基因结构的研究，例如操纵子鉴定，为基因网络调控的研究提供有力支持。研究表明：很多基因组区域具有正负链的转录本，反义转录是真核基因的一个特征，是一种重要的调控方式。对于原核以及低等真核生物的compact基因组，常常具有重叠基因。
技术流程
我们的优势
对转录本进行定量
能有效的发现反义转录本
基因注释准确
更多的挖掘ncRNA的信息
应用范围
I. 差异基因精确分析
能针对不同转录方向的基因进行精确的表达量统计及差异表达分析，从而推断出与功能状态变化相关联的候选基因，揭示差异基因的功能分类和相关代谢通路。
II. 原核生物操纵子分析
针对原核生物的链特异性转录组分析，能准确地进行操纵子鉴定和分析。
III. 模式生物基因结构分析
模式生物已经有完整的基因注释信息，但是实际研究中存在个体差异性。利用链特异性转录组测序可以对个体表达基因的结构进行深度分析，对基因进行重注释。
服务流程
1. 根据样本信息和客户需求，制定个性化测序方案
2. RNA样品邮寄及样品质控
3. 测序样品制备(mRNA分离、片段化，链特异性转录组建库等)
4. 上机测序
5. 高通量数据分析
6. 报告及数据发送
其中数据分析部分包含：
测序短序列统计匹配与数据统计
测序质量评估（QC）
转录组表达量的计算
基因表达差异分析
差异基因生物学通路分析（代谢通路/信号通路）
差异基因GO功能注释
预测新反义转录本
应用案例
对伤寒沙门氏菌的链特异性转录组测序及分析
采用一种新的链特异性转录组的测序方法（ssRNA-seq）识别出伤寒杆菌Ty2菌株中编码和非编码区序列的转录模板链，识别出大量假定的新非编码RNA（ncRNA），并计算这些假基因的表达量。此方法可识别出许多基因的重叠转录本，识别新的small RNA，增加基因注释的准确性，确认操纵子结构，且识别出转录活跃区与非活跃区。取正常菌株及其ompR无效突变体菌株，每类样本取3个平行样，共6个样本，进行链特异性转录组测序，采用的建库方法为总RNA去除核糖体RNA后经DNA酶消化，使用随机引物反转录合成cDNA第一链 第二链不再合成，修剪后的cDNA加接头，之后挑选200-250bp的片段构建文库，PCR富集后在Illumina GA平台上测序。测序所得数据比对回参考基因组，进行ncRNA预测，并使用Rfam文库进行注释，识别出新的ncRNA（见下图）。通过量化ompR无效突变体菌株的基因表达情况，识别出受毒力相关位点控制的新区域，并结合蛋白组分析验证基因表达量。
参考文献
Perkins TT, Kingsley RA, Fookes MC et al. (2009) A Strand-Specific RNA–Seq Analysis of the Transcriptome of the Typhoid Bacillus Salmonella Typhi. PLoS Genetics.e1000569.
