免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CoIP）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，用于确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质x的抗体免疫沉淀x，那么与x在体内结合的蛋白质y也能沉淀下来。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合，也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
CoIP与质谱联用的原理是：如果一种目标蛋白是某一蛋白复合物的一部分，利用目标蛋白的特异性抗体，就可以对整个蛋白复合物进行富集，进而利用质谱鉴定这个蛋白复合物中的其他成员。
技术路线
技术优点
相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态。
蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响。
可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。
