蛋白合成起始于N-端，蛋白质N-端的序列组成对于蛋白质整体的生物学功能有着影响力。例如N-端序列影响蛋白质的半衰期，同时关联着蛋白亚细胞器定位等，这些与蛋白的功能和稳定性息息相关。对蛋白进行N-端测序分析，有利于帮助分析蛋白质的结构，了解蛋白质的生物学功能。
C端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位，对蛋白质的生物功能起作用。此外，由于蛋白翻译后在细胞内需要进一步剪切和修饰，通常不能简单的使用基因序列对C-端或N端做简单的预测，对于蛋白生物制品来说，使用C-端测序是可行的，随着蛋白质组学研究的不断深入，蛋白质C端测序对其功能研究将发挥作用。一些新的蛋白质C端测序方法已建立，提高了灵敏度和重复性，能够在蛋白质组水平应用。
技术原理
蛋白质和多肽N-端测序技术是以Edman化学降解法为基础的，Edman化学降解，其基本原理是包括通过异硫氰酸苯脂与蛋白质和多肽的N-端残基的偶联，苯氨基硫甲酰酞（PTC-肽）环化裂解，和噻唑呤酮苯氨（ATZ）转化为苯异硫尿氨基酸（PTH-氨基酸）三个主要的化学步骤，每个循环从蛋白质与多肽裂解一个氨基酸残基，同时暴露出新的游离的氨基酸进行下一个Edman降解，然后通过转移的PTH-氨基酸鉴定实现蛋白质序列的测定。
尽管Edman法技术已应用较多，但仍有不尽人意之处，例如Edman降解法不能解决N端封闭的测序问题（环化、封闭）、被修饰的蛋白不能给出确切的信号，要求蛋白或多肽的纯度在95%以上，灵敏度较低。质谱法不受N末端封闭的限制，能对侧链基团翻译后加工或化学修饰进行定位，灵敏度有提高，因而具有其优点，与传统的Edman降解法相互补。
蛋白质的C末端分析，并不能采取类似N端氨基酸序列分析的化学分析，现阶段是采取质谱法对蛋白质样品的C末端序列分析。其原理为利用蛋白质在质谱中会有规律的破碎，获得蛋白质肽段的碎片，分析图谱得到蛋白质的C-端序列。
样品要求：
蛋白质样品可以是干粉、溶液或固定在PVDF膜上(转膜的蛋白质分子量不超过20KD，用丽春红染色);
样品浓度及纯度:浓度>50pmo l，纯度>90% (建议提供的样品量为所需量的5倍以上);
含盐量:不挥发无机盐<5mM ，挥发性无机盐<20mM ，不能使用Tris 缓冲体系
